肃南县民族博物馆自1996年成立以来，坚持“保护为主，抢救第一，合理利用，加强管理”的文物工作方针，通过多种渠道收藏了大批历史文物，保护了部分裕固族非物质文化遗产，使馆藏文物数量逐年剧增。现馆藏一级文物33件，二级文物118件，三级文物84件，民族文物1880余件，革命文物达120余件。珍藏有毛泽东、周恩来、江泽民、胡锦涛、吴仪等党和国家领导人接见我县各行业的裕固族代表及民族团结进步人士图片；收藏了1984年徐向前、李先念为建红西路军烈士纪念碑的题词和1992年江泽民视察肃南时的题词“祁连松柏挺拔俊秀各族人民情深意长”原件。馆内设有“中国裕固族专题展”、“肃南历史文物精品展览”、“各民族团结”、“自然资源展”4个基本展览。

长期以来，该馆充分发挥民族博物馆的主阵地作用，深入组织开展以“团结、进步”为主题的民族团结进步教育宣传活动，坚持把党的民族政策法律法规纳入宣传教育的主要内容，教育广大干部、青少年学生牢固树立各民族一律平等和“三个离不开”的思想，自觉维护民族团结。结合每年的民族团结进步宣传月、宣传周和重大节庆活动,组织各族干部群众、驻地官兵、中小学生、社会人士，开展以红西路军浴血奋战河西走廊悲壮历程主题的爱国主义宣传教育活动；定期与县内“三校一园”联系，举行“民族团结进步联谊会”、“成人仪式”“历史课堂”等教育活动；举办了“肃南县史前游牧文化印迹—榆木山岩画展” “馆藏精品图片”“民俗文化图片”3个临时展览，让各族群众接受到高雅的文化熏陶，引导广大青少年增强民族自尊心、自豪感、责任心和自信心。自2007年底我馆率先在全县开展志愿者服务行动，至目前共有15余名志愿者在馆进行志愿工作，志愿工作受到了各族干部群众的一致好评，多年来共接待参观人员30多万余人次，发放宣传册、宣传单10万余份。

2007年，民族博物馆被张掖市委宣传部命名为市级爱国主义教育基地。2008年被列入甘肃省首批免费开放的博物馆，全国重点文物保护单位；2011年，“中国裕固族专题展览”在甘肃省首届陈列展览精品评选活动中获得“最佳内容设计奖”；2011年，民族博物馆被甘肃省委宣传部命名为省级爱国主义教育基地。2011年6月，被中国文物保护基金会授予“薪火相传——中国文化遗产保护杰出团队”荣誉称号。